เมื่อ พ.ศ. 2394 สมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ร.4) กิจการทหารเรือเริ่มแบ่งออกอย่างชัดเจน เป็น 2 ส่วน คือ ทหารเรือวังหลวง (ทหารมะรีนสำหรับเรือรบ) ขึ้นตรงกับ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) สมุหพระกลาโหม และทหารเรือวังหน้า ขึ้นตรงกับ พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยทหารเรือวังหน้ามีหน่วยในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสาจาม และกองทะเล (บางทีเรียกว่ากองกะลาสี) ส่วนกรมอรสุมพลมีหน่วยในสังกัด คือ กรมเรือกลไฟ กรมอาสามอญ และกรมอาสาจาม ซึ่งทหารทั้งสองส่วนนี้จะไม่ขึ้นต่อกัน
ดังนั้น จึงนับได้ว่า กองทัพเรือได้เริ่มมีผู้นำในการบริหารงานอย่างเป็นรูปธรรม โดยสามารถเรียงลำดับมาตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบันได้ ดังต่อไปนี้
 | พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ผู้บัญชาการทหารเรือวังหน้า พ.ศ. 2394 – พ.ศ. 2408 |
 | สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ ผู้บัญชาการทหารเรือวังหลวง พ.ศ. 2394 – พ.ศ. 2412 |
 | กรมพระราชวังบวรสถานมงคล ผู้บัญชาการทหารเรือวังหน้า พ.ศ. 2408 – พ.ศ. 2428 |
 | เจ้าพระยาสุรวงศ์ไวยวัฒน์ ผู้บัญชาการทหารเรือวังหลวง พ.ศ. 2412 – พ.ศ. 2430 |
 | พลเรือโท พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าสายสนิทวงศ์ เจ้าพนักงานใหญ่ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารเรือ 8 เม.ย. 2430 – 14 เม.ย. 2433 |
 | พลเรือโท พระวรวงศ์เธอ กรมหมื่นปราบปรปักษ์ ผู้บัญชาการทหารเรือ 15 เม.ย. 2433 – 25 มี.ค. 2441 |
 | สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ รั้งตำแหน่งผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 27 มี.ค. 2441 – 31 ส.ค. 2442 |
 | พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงประจักษ์ศิลปาคม รั้งตำแหน่งผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 2 ก.ย. 2442 – 15 ม.ค. 2443 |
 | พลเรือโท พระยาชลยุทธโยธินทร์ (Andre du Plessis de Richelieu) ผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 16 ม.ค. 2443 – 29 ม.ค. 2444 |
 | จอมพลเรือ สมเด็จพระราชปิตุลา บรมพงศาภิมุข เจ้าฟ้าภาณุรังษีสว่างวงศ์ กรมพระยาภานุพันธุวงศ์วรเดช รั้งตำแหน่งผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 29 ม.ค. 2444 – 16 ก.พ. 2445 ผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 17 ก.พ. 2445 – 24 ก.พ. 2446 ผู้กำกับราชการกระทรวงทหารเรือ 19 มิ.ย. 2463 – 31 ส.ค. 2465 |
 | จอมพลเรือ สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าบริพัตรสุขุมพันธุ์ กรมพระนครสวรรค์วรพินิต ผู้บัญชาการกรมทหารเรือ 24 ก.พ. 2446 – 10 ธ.ค. 2453 เสนาบดีกระทรวงทหารเรือ 11 ธ.ค. 2453 – 18 มิ.ย. 2463 |
 | พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ทำการแทนเสนาบดีกระทรวงทหารเรือ 13 ต.ค. 2465 – 31 มี.ค. 2466 เสนาบดีกระทรวงทหารเรือ 1 เม.ย. 2466 – 19 พ.ค. 2466 |
 | พลเรือเอก สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้าอัษฎางค์เดชาวุธ กรมหลวงนครราชสีมา ผู้กำกับราชการกระทรวงทหารเรือ 1 ก.ค. 2466 – 8 ก.พ. 2467 |
 | พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงสิงหวิกรมเกรียงไกร เสนาบดีกระทรวงทหารเรือ 13 ก.พ. 2467 – 7 พ.ย. 2474 |
 | พลเรือตรี พระยาปรีชาชลยุทธ ผู้บัญชาการทหารเรือ 6 ก.ค. 2475 – 4 ส.ค. 2476 |
 | นาวาเอก พระยาวิชิตชลธี ผู้บัญชาการทหารเรือ 5 ส.ค. 2476 – 15 ธ.ค. 2476 |
 | พลเรือเอก สินธุ์ กมลนาวิน รักษาราชการ ผู้บัญชาการทหารเรือ 11 ม.ค. 2476 – 1 พ.ค. 2477 ผู้บัญชาการทหารเรือ 24 ต.ค. 2481 – 1 ก.ค. 2494 |
 | พลเรือตรี พระยาวิจารณ์จักรกิจ รักษาราชการ ผู้บัญชาการทหารเรือ 2 พ.ค. 2477 – 9 พ.ค. 2481 ผู้บัญชาการทหารเรือ 10 พ.ค. 2481 – 23 ต.ค. 2481 |
 | พลเรือเอก หลวงพลสินธวาณัติก์ 2 ก.ค. 2494 – 30 พ.ย. 2494 |
 | จอมพลเรือ หลวงยุทธศาสตร์โกศล 1 ธ.ค. 2494 – 19 ก.ย. 2500 |
 | พลเรือเอก หลวงชำนาญอรรถยุทธ์ 19 ก.ย. 2500 – 30 ก.ย. 2505 |
 | พลเรือเอก สวัสดิ์ ภูติอนันต์ 1 ต.ค. 2505 – 30 ก.ย. 2507 |
 | พลเรือเอก หม่อมเจ้าครรชิตพล อาภากร 1 ต.ค. 2507 – 20 ก.พ. 2509 |
 | พลเรือเอก จรูญ เฉลิมเตียรณ 7 เม.ย. 2509 – 30 ก.ย. 2514 |
 | พลเรือเอก ถวิล รายนานนท์ 1 ต.ค. 2514 – 30 ก.ย. 2515 |
 | พลเรือเอก กมล สีตกะลิน 1 ต.ค. 2515 – 30 ก.ย. 2516 |
 | พลเรือเอก เฉิดชาย ถมยา 1 ต.ค. 2516 – 18 พ.ย. 2516 |
 | พลเรือเอก สงัด ชลออยู่ 19 พ.ย. 2516 – 30 ก.ย. 2519 |
 | พลเรือเอก อมร ศิริกายะ 1 ต.ค. 2519 – 30 ก.ย. 2521 |
 | พลเรือเอก กวี สิงหะ 1 ต.ค. 2521 – 30 ก.ย. 2523 |
 | พลเรือเอก สมุทร์ สหนาวิน 1 ต.ค. 2523 – 30 ก.ย. 2524 |
 | พลเรือเอก สมบูรณ์ เชื้อพิบูลย์ 1 ต.ค. 2524 – 30 ก.ย. 2526 |
 | พลเรือเอก ประพัฒน์ จันทวิรัช 1 ต.ค. 2526 – 30 ก.ย. 2527 |
 | พลเรือเอก นิพนธ์ ศิริธร 1 ต.ค. 2527 – 30 ก.ย. 2529 |
 | พลเรือเอก ธาดา ดิษฐบรรจง 1 ต.ค. 2529 – 30 ก.ย. 2530 |
 | พลเรือเอก ประพัฒน์ กฤษณจันทร์ 1 ต.ค. 2530 – 30 ก.ย. 2534 |
 | พลเรือเอก วิเชษฐ การุณยวนิช 1 ต.ค. 2534 – 30 ก.ย. 2536 |
 | พลเรือเอก ประเจตน์ ศิริเดช 1 ต.ค. 2536 – 30 ก.ย. 2539 |
 | พลเรือเอก วิจิตร ชำนาญการณ์ 1 ต.ค. 2539 – 30 ก.ย. 2540 |
 | พลเรือเอก สุวัชชัย เกษมศุข 1 ต.ค. 2540 – 30 ก.ย. 2541 |
 | พลเรือเอก ธีระ ห้าวเจริญ 1 ต.ค. 2541 – 30 ก.ย. 2543 |
 | พลเรือเอก ประเสริฐ บุญทรง 1 ต.ค. 2543 – 30 ก.ย. 2545 |
 | พลเรือเอก ทวีศักดิ์ โสมาภา 1 ต.ค. 2545 – 30 ก.ย. 2546 |
 | พลเรือเอก ชุมพล ปัจจุสานนท์ 1 ต.ค. 2546 – 30 ก.ย. 2547 |
 | พลเรือเอก สามภพ อัมระปาล 1 ต.ค. 2547 – 30 ก.ย. 2548 |
 | พลเรือเอก สถิรพันธุ์ เกยานนท์ 1 ต.ค. 2548 – 30 ก.ย. 2551 |
 | พลเรือเอก กำธร พุ่มหิรัญ 1 ต.ค. 2551 – 30 ก.ย. 2554 |
 | พลเรือเอก สุรศักดิ์ หรุ่นเริงรมย์ 1 ต.ค. 2554 – 30 ก.ย. 2556 |
 | พลเรือเอก ณรงค์ พิพัฒนาศัย 1 ต.ค. 2556 – 30 ก.ย. 2557 |
 | พลเรือเอก ไกรสร จันทร์สุวานิชย์ 1 ต.ค. 2557 – 30 ก.ย. 2558 |
 | พลเรือเอก ณะ อารีนิจ 1 ต.ค. 2558 – 30 ก.ย. 2560 |
 | พลเรือเอก นริส ประทุมสุวรรณ 1 ต.ค. 2560 – 30 ก.ย. 2561 |
 | พลเรือเอก ลือชัย รุดดิษฐ์ 1 ต.ค. 2561 – 30 ก.ย. 2563 |
 | พลเรือเอก ชาติชาย ศรีวรขาน 1 ต.ค.2563 – 30 ก.ย.2564 |
 | พลเรือเอก สมประสงค์ นิลสมัย 1 ต.ค.2564 – 30 ก.ย.2565 |
 | พลเรือเอก เชิงชาย ชมเชิงแพทย์ 1 ต.ค.2565 – ปัจจุบัน |
แหล่งอ้างอิง
- http://www.navy.mi.th
- https://th.wikipedia.org